留学相談ホットラインにお問い合わせを有難うございます。
中東、アフリカの大学院進学を検討されているとのことですね。
おっしゃるように情報が少ないエリアです。詳細は各大学への確認が必要になるので、こちらでは一般的なお答えをさせていただきます。

【参考情報】トビタテ公式HP海外進学TOP　
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https://tobitate-mext.jasso.go.jp/overseas

■教授に直接オファー依頼のメールをして入試プロセスをスキップする方法は、今でも多くの学生が行っているひとつの方法なのか。

博士課程は、ご自身の専門研究分野を明確にし、指導教授を見つけるというプロセスが必要になりますが、修士課程の場合は基本的に各大学のアドミッションに従って出願をします。直接コンタクトをされる場合は、面識があったり、大学の教授の紹介でというケースが多いと思います。

■当該大学のHPを見ても入試プロセスがよく理解できないので、直接大学への問い合わせをしたいが気をつけるポイントはあるのか。 外国人の場合、国際課にCV添付のうえ聞くことが一般的なのか。

大学のHPにコンタクト先などが乗っていれば、直接その分野の教授にコンタクトを取ることもできますが、そうではなければプログラムコーディネーターを通して教授につないでいただいたりもします。大学によりますが、International Studentの窓口があるようならそちらを通してもよいと思います。
CV添付でご自身のプランや確認したことを明確にして、教授に興味を持ったもらうことで返信の確率も高くなると思います。

■また、学位規定によってeligibleと見做されていない場合などに、大学と交渉することはできるのか。

トップスクールなど入学基準が確立されている場合は難しいですが、国や大学によってフレキシブルな部分もありますので、トライしてみるのはよいと思います。

■GPAが3しかなく低いのが心配である

目指す大学によりますが、3.0ならば基本的なスコアではあります。
大学院の入学審査は教授陣による個々に対する総合的な書類審査となり、プログラムによって審査の基準や方法が異なりますので、GPAに関しては仮に多少スコアが足りていなくても出願してみることです。ただし、GPA以外の条件が十分そろっていること、志望動機やバックグラウンドが強固であること、大学教授から具体的で信憑性のある強い推薦状をいただくことなどが大事です。もしGREのスコアが求められる場合は、しっかり試験対策をして高得点を取れば、成績をカバーすることもできるでしょう。

■9月卒業で、同年9月入学は修了見込み証明書があっても不可能なのか。

こちらは各大学の判断となりますので、確認をしてみてください。
また、大学院プログラムによりますが、一般的に出願必要となるものは以下の通りです。

①大学の成績
②語学力証明（英語の場合、TOEFLまたはIELTS)
③GRE（主に北米ですが、分野によっては広範囲にわたり、大学院入学審査に求めています）
④教授の推薦状（2－3通）
⑤出願エッセイ（志望目的や研究計画など、課題が出る場合もあります）
⑥その他、プログラムで求められる書類など

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